|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Kolonizace ostrovů insektivorními savci
Matějů, Petr ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Kristýna, Kristýna (oponent)
Biologické invaze jsou globálně velmi závažným problémem. Kromě přirozených kolonizací zprostředkovaných například pohybem tektonických desek či vytvořením pevninského mostu, existují i invaze artificiální. Člověk může nevědomě či vědomě přemisťovat druhy napříč ekosystémy. V poslední době se právě kvůli lidské činnosti - obchodnímu styku a turismu - drasticky zvýšila četnost biologických invazí. V minulosti se invazím věnovalo mnoho autorů, ale zabývali se převážně hlodavci. Téma insektivorních savců zůstává zatím relativně málo probádané, přestože tyto druhy mají velmi výrazný impakt na ekosystém. Tato práce se v praktické části zaměřila na ježka východního (Erinaceus roumanicus) a jeho distribuci na ostrovech ve Středozemním moři. Celkem bylo osekvenováno 28 vzorků na kontrolní oblasti mtDNA a porovnáváno s již publikovanými sekvencemi z genové banky. Za pomoci fylogenetických analýz bylo diskutováno: zda jsou invaze recentní a směr přenosu genetické informace. Většina vzorků vykazovala nejbližší haplotypovou příbuznost s jedinci nacházejícími se na nejbližší pevnině. Trendu neodpovídaly jedině vzorky z ostrova Skyros, které se jevily velmi blízce přibuzné vzorkům z Kréty.
|
host ::
RSS.